菲律賓和中國這次衝突的主要熱點為「第二托馬斯礁」(Second Thomas Shoal),這是國際上的稱呼,中國方面稱其為「仁愛礁」,菲律賓稱其為「愛尤銀礁」(Ayungin Shoal),該環礁距菲國西南的巴拉望省105海里(約194公里),長15公里,寬約5.6公里,退潮時可大部分露出。兩國都宣稱擁有其主權,菲國將其視為專屬經濟區(EEZ)內的島礁。
自1999年以來,菲律賓刻意在第二托馬斯礁,放置一艘擱淺的海軍陸戰隊運輸船「馬德雷山號」(BRP Sierra Madre),還派兵駐守,藉此主張其實際控制地位。